Eesti Keskkonnaühenduste Koda (EKO) peab vajalikuks transpordisektori negatiivse keskkonnamõju vähendamist nii Eestis kui kogu maailmas. Muuhulgas pooldame kiire ja mugava rongiliikluse arendamist eesmärgiga pakkuda tõhusat ja keskkonnasõbralikku alternatiivi autodele ja lühimaa lendudele nii reisijate- kui kaubaveos. On äärmiselt oluline, et arendatav rongiliiklus oleks võimalikult keskkonnasõbralik, nt elektrifitseeritud (eelistatult taastuvenergiaga) või töötaks vesinikul.

Uute raudteede rajamisel tuleb võimalikult vähe kahjustada loodust ning kasutada maksimaalselt olemasolevaid transpordikoridore. Rail Balticu valitud trass kulgeb liiga pikalt väljaspool olemasolevat raudteetrassi, läbib Eesti olulisi loodusmaastikke, hävitab tarbetult väärtuslikke elupaiku ja nõuab liigselt loodusressursse uue raudteetammi rajamiseks. Trassivalikut puudutav otsustusprotsess on olnud meie hinnangul läbipaistmatu ja otsused adekvaatselt põhjendamata. EKO liikmesorganisatsioonid on trassivaliku protsessis korduvalt esile toonud vajaduse maksimaalselt säilitada olemasolevad loodusväärtused. EKO rõhutab, et tänase trassivaliku puhul tuleb keskkonnakahju leevendavaid meetmeid rakendada täies mahus ning Natura 2000 elupaiku ja liike kahjustavate tegevuste hüvitusmeetmed peavad toimima enne raudtee ehitustegevuse alustamist. Hüvitusmeetmete rakendamist enne tegevusloa andmist eeldab ka Euroopa Liidu direktiiv 92/43/EEC (loodusdirektiiv) ja Euroopa Liidu kohus.